Αποστολή της ΣΣΕ είναι:
α. Να παράγει και να μεταδίδει τη γνώση στους Ευέλπιδες και στους Σπουδαστές της με την έρευνα και διδασκαλία της Στρατιωτικής Επιστήμης καθώς και των συναφών θεωρητικών, θετικών και εφαρμοσμένων επιστημών.
β. Να αναπτύσσει τις στρατιωτικές αρετές και τη στρατιωτική αγωγή ώστε να διαμορφώνει αξιωματικούς του ΣΞ με στρατιωτική συνείδηση, μόρφωση ανώτατου επιπέδου, καθώς και κοινωνική, πολιτιστική και πολιτική παιδεία και αγωγή, παρέχοντας τους τα εφόδια για να καταστούν ικανοί ηγέτες με άρτια επαγγελματική και επιστημονική κατάρτιση.
γ. Να σχεδιάζει και να οργανώνει Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) και Ερευνητικά Προγράμματα σε θέματα Στρατιωτικής Επιστήμης σύμφωνα με τις διαδικασίες και προϋποθέσεις που καθορίζονται στις διατάξεις του άρθρου 4 του N. 3187/2003.
δ. Κάθε έργο που προβλέπεται από την κείμενη νομοθεσία στο πλαίσιο της καθορισθείσας αποστολής της, από το Ν.3187/03, όπως αυτός εκάστοτε ισχύει.